Отличий практически никаких, за исключением ограничение на использование команды «Все функции», которая предоставляет доступ к внутренним механизмам и недокументированным возможностям приложений.
При работе приложений в сервисе 1С:fresh.com команда «Все функции» обычным пользователям недоступна (по соображениям безопасности).
Пользователям доступны функции приложений, которые могут быть вызваны через штатный пользовательский интерфейс, а также с помощью команд перехода по ссылке и поиска функций. Ключ электронной подписи, необходимой для отправки из приложений сервиса регламентированной отчетности в контролирующие органы, можно хранить непосредственно в сервисе 1cfresh.com.
Это упрощает использование средств отправки регламентированной отчетности («1С-Отчетность»). Подробнее о хранении электронной подписи в сервисе рассказано в статье
по ссылке.